El 23 de Enero de 1516 muere Fernando el Católico, tras la regencia de Cisneros, recayó la Corona en el príncipe Don Carlos I, teniendo a su servicio al Duque de Medinaceli, cuya extensión de tierras llegaba hasta Cihuela, con Deza incluída. El papel de Cihuela en el alzamiento de los comuneros fue nulo. Sabemos por abundancia de notas del Interventor Jean de Vandenesse, que el Emperador realizó una serie de viajes entre 1528 a 1542 a Medinaceli, Cigüela (Cihuela), Montuenga, Agreda, Aldealpozo, Quintana Redonda y Burgo de Osma. Su hijo, el Rey Felipe II, realizaría el mismo viaje entre 1554 y 1560.

Cihuela se mantuvo siempre fiel al Rey, siendo uno de los puntos importantes dentro de los “Puertos Secos Altos de Castilla” . Felipe III ordenará en 1610 la expulsión de los moriscos del reino de España, no siendo grave perjuicio para la pequeña población que habitaba en la Cantarilla.

Con la muerte sin descendencia de Carlos II, llega la Guerra de Sucesión entre el Archiduque Carlos y Felipe de Anjou, nieto de Luis XIV. La provincia de Soria fue escenario del tránsito de tropas y sus habitantes tuvieron que proveer a sus soldados. Las villas sorianas solicitaron ayuda de la capital, y ésta, siempre que fue posible, acudió en su auxilio, tal ocurrió con Deza, Cihuela, Almazán, Gómara, Reznos, Carabantes, etc. Mas tarde caerían en poder del enemigo en Abril de 1707, pero los partidarios del Archiduque Carlos abandonaron Serón, Peñalcázar y Almenar, desapareciendo el escenario guerrero de tierras sorianas.

Terminada la guerra, se sucedieron varios años de sequía, (1722, 1724, 1726, 1730 y 1734), pues tenemos constancia de que ya era sacada la Virgen del Sagrario por los cihuelanos.

Entre 1808 y 1833, tiene lugar la guerra de la Independencia, el pueblo español se levantó en armas contra los franceses. Para dirigir la defensa se crearon las Juntas provinciales de Gobierno y Defensa, la de Soria ordena el alistamiento de todos los hombres útiles, Deza y Cihuela participan al mando del Mariscal José Durán. Los franceses colocaron varios cañones desde el castillo, agrandando sus ventanas para tener mayor ángulo de tiro. Los escritos narran que Juan Martín Diaz, apodado como “el empecinado” , del bando español, “partiendo de la base de Ateca, hizo su inclusión hacia Soria por el valle del Henar, estando en Cihuela, Deza y Gómara durante 1811 y 1812”. La guerra termina en 1812, tras la batalla de Arapiles, Soria y su territorio quedan libres del dominio francés.